Existe una laguna importante en esta etapa de la historia de Lopera, que no cuenta prácticamente con vestigios, al menos en sus inicios. En 1240 se inicia la historia conocida de nuestro querido castillo. Fue Fernando III quien conquistó Lopera a los musulmanes, pero no sabemos con exactitud si el actual castillo de factura totalmente cristiana guarda relación o mantiene parte de la estructura del anterior castillo musulmán, aunque también es posible que el castillo fuese construido íntegramente tras la reconquista de Lopera. En cualquier caso fue la Orden de Calatrava la encargada de custodiarlo. 

Lopera estuvo bajo la jurisdicción de la Orden de Calatrava hasta el siglo XV y en este tiempo pasaron por nuestro pueblo varios comendadores, que fijaron su residencia en el castillo. Algunos de los comendadores fueron Frey Juan Luzio y Frey Luis de Leiva. Los comendadores vivían de los impuestos que les daban los tejares, hornos de barro, viñas, enjambres de abejas, etc.  

(Fuente: PANTOJA, J.L. (1992). Guía histórico-artística de la Villa de Lopera. Lopera: Edición del autor)